Бывают проекты из одного файла или где нужен разветвленный репозиторий, но чаще всего я работаю над кодом в одиночку. Долгое время его никому не нужно передавать, и проект разрастается до 5 тысяч строк. Поскольку неудобно вести стихийную разработку в десятках разрозненных файлов, я предпочитаю всё держать в одном ноутбуке. И это вовсе не проблема.
В Engee мне нравится то, что среда ноутбуков сделана для инженеров-исследователей. Например, есть удобное файловое хранилище с выходом в git и полная интеграция с мощной инженерной средой для симуляции схем.
Если большой проект находится в одном файле, разве его не будет трудно читать? Оказывается, это не трудно и даже удобно, если проект делить на иерархические сегменты и сворачивать ненужные секции. Насколько это полезно, я понял на своём опыте, когда собирал семинар по оптимизации из большого набора примеров. Получился очень удобный учебник, а работать с секциями в ноутбуке было гораздо удобнее, чем с отдельными файлами.